audit: close 8 correctness/robustness gaps across api, registry, and tooling

[t0k0sh1]

Summary

全 Rust コード監査(#520)で見つかった 8 件の修正。各修正にミュータントを殺すテスト付き。

• promote: sources に他のリスト入力と同じ overlong() 上限(1000 件)を適用 — 従来は入力サイズ比例の CPU/メモリを無制限に消費し得た
• registry/embeddings: embeddings_status / semantic_twins / semantic_resolve / explain_semantic_resolve のサイドカー読みを tombstone フェンスで保護 — delete に負けた読みは context エンドポイントと同じ「存在しない」(None) を返し、unlink 済み・後継世代のサイドカーから状態を組み立てない。フェンスはスコープ限定で、プロバイダ呼び出しと O(N²) スイープはフェンス外(delete をネットワーク待ちにしない)
• import: グループ復元タイムアウトにも integrity / durable_batches を機械可読で付与(バッチループ側のタイムアウトと同じ契約)
• benchmark/compare: wall_seconds が end<start の壊れたサンプルを破棄。重複 end レコードは最後の記録が勝つ(start の keep-earliest と対称)
• embedding: PassageAnnIndex::build が空ストアで空インデックスを返す(従来は範囲外スライスの潜在パニック)
• evalset: case_id の空チェックを他フィールド同様 trim 付きに
• metrics: note_replica_shipped がキャッチアップ時に behind_since_epoch をリセット(note_replica_lane と対称)

Closes #520

Test plan

• cargo fmt / cargo clippy --all-targets(警告ゼロ)
• cargo test フルスイート 3211 件パス(失敗 0)
• diff スコープ mutation gate: 37 mutants — 32 caught / 5 unviable / missed 0(semantic_twins 既存ロジック由来の 508 件は変更範囲外のため除外。CI の 60 件予算も超過する規模なので、必要なら mutants-sweep.yml のモジュールスイープで別途カバー)

https://claude.ai/code/session_011NozdDS9JqgCpi9Z3wo4Pd

Summary by CodeRabbit

• 新機能

  • 復元タイムアウト時に、処理済みバッチ数とデータ整合性情報を含む応答を返すようになりました。
  • 大量のソースを含むプロモーション要求を、処理開始前に検証・拒否するようになりました。

• バグ修正

  • 削除済みデータに紐づく古い埋め込み情報が表示される問題を修正しました。
  • 空のデータからインデックスを作成する際のエラーを防止しました。
  • 不正な評価ケースIDや負の計測時間を適切に処理するよう改善しました。
  • レプリケーション遅延が回復した際、遅延状態が正しく解除されるようになりました。

[coderabbitai]

Important

Review skipped

Auto incremental reviews are disabled on this repository.

Please check the settings in the CodeRabbit UI or the .coderabbit.yaml file in this repository. To trigger a single review, invoke the @coderabbitai review command.

⚙️ Run configuration

Configuration used: Path: .coderabbit.yaml

Review profile: CHILL

Plan: Pro Plus

Run ID: 967bce77-6ae9-4c80-a124-f3fe2f012307

You can disable this status message by setting the reviews.review_status to false in the CodeRabbit configuration file.

Use the checkbox below for a quick retry:

• 🔍 Trigger review

📝 Walkthrough

Walkthrough

APIの復元タイムアウトとプロモーション入力を検証します。ベンチマーク計測とレプリケーション遅延を修正します。空データ、評価ケースID、埋め込み削除競合の処理と回帰テストを追加します。

Changes

APIの検証と拒否応答

Layer / File(s)	Summary
復元タイムアウトの構造化応答 src/api/import.rs, src/api.rs	復元タイムアウト時にintegrityとdurable_batchesを含む検証エラーを返し、応答を検証します。
プロモーション入力上限 src/api/promote.rs, tests/http_api/promote.rs	sourcesが上限を超えた場合、処理開始前にover_limitのHTTP 400応答を返します。

ベンチマークとメトリクスの正確性

Layer / File(s)	Summary
ベンチマーク結果と時間計測 src/benchmark/compare.rs, src/benchmark/compare/tests.rs	後続の文書終了レコードを採用し、開始時刻より前の終了時刻を計測から除外します。
レプリケーション遅延の回復 src/metrics/record.rs, src/metrics.rs	レプリカが追随した場合にbehind_since_epochをクリアし、回復動作をテストします。

入力と空データの処理

Layer / File(s)	Summary
空ストアのANNインデックス src/embedding.rs	空のパッセージストアから空のセン​​トロイドとリストを持つインデックスを生成します。
評価ケースIDの検証 src/evalset.rs	空白だけのcase_idを拒否し、既存のエラーメッセージを検証します。

埋め込み読み取りの削除競合制御

Layer / File(s)	Summary
削除フェンス内の埋め込み読み取り src/registry/embeddings.rs	埋め込み状態、意味的ツイン、意味的解決、解決説明で、サイドカーと意味的フロアを削除フェンス内から読み取ります。
削除競合の回帰テスト src/registry/embeddings/gloss_tests.rs	削除済みエントリの競合時に、4つの読み取り経路がNoneを返すことを検証します。

Estimated code review effort: 4 (Complex) | ~45 minutes

Possibly related PRs

• t0k0sh1/taguru#485: 復元拒否応答と構造化された整合性情報に関連します。
• t0k0sh1/taguru#517: プロモーションAPIとHTTP検証テストに関連します。
• t0k0sh1/taguru#467: 埋め込み関連の動作とテストに関連します。

🚥 Pre-merge checks | ✅ 5

✅ Passed checks (5 passed)

Check name	Status	Explanation
Description Check	✅ Passed	Check skipped - CodeRabbit’s high-level summary is enabled.
Title check	✅ Passed	タイトルはAPI、レジストリ、ツールの8件の正確性・堅牢性修正という主変更を簡潔に示しています。
Linked Issues check	✅ Passed	8件すべての監査要件を実装し、各修正に対応するテストも追加しています。 [#520]
Out of Scope Changes check	✅ Passed	変更はリンクされた8件の監査項目と対応テストに限定され、無関係なコード変更は確認できません。
Docstring Coverage	✅ Passed	Docstring coverage is 100.00% which is sufficient. The required threshold is 80.00%.

✨ Finishing Touches

📝 Generate docstrings

• Create stacked PR
• Commit on current branch

🧪 Generate unit tests (beta)

• Create PR with unit tests
• Commit unit tests in branch 520-audit-fixes

---

_{Comment @coderabbitai help to get the list of available commands.}

[coderabbitai]

Actionable comments posted: 2

🤖 Prompt for all review comments with AI agents

Verify each finding against current code. Fix only still-valid issues, skip the
rest with a brief reason, keep changes minimal, and validate.

Inline comments:
In `@src/api/import.rs`:
- Around line 421-433: 追加された RestoreGroupsError::Timeout の拒否応答形状を、/import の
golden wire fixture と tests/http_api/contract.rs の契約テストで検証してください。restore_refusal
に渡す total は、全バッチ成功後の group restore であるため durable batch 数と一致させ、integrity と
durable_batches も応答内容に含めてください。HTTP_CONTRACT と MCP_CONTRACT は変更しないでください。

In `@src/metrics.rs`:
- Around line 498-514: Extend the test
a_shipped_report_at_or_below_applied_clears_the_behind_age to also call
note_replica_shipped with shipped_seq 4 while applied_seq remains 5, then assert
replica_lag[&key].behind_since_epoch is 0. Keep the existing equality case and
verify the less-than case explicitly.

🪄 Autofix

Fix all unresolved CodeRabbit comments on this PR:

• Push a commit to this branch (recommended)
• Create a new PR with the fixes

---

ℹ️ Review info

⚙️ Run configuration

Configuration used: Path: .coderabbit.yaml

Review profile: CHILL

Plan: Pro Plus

Run ID: 2e7984ac-c962-4ab7-9b7d-bbea30de7334

📥 Commits

Reviewing files that changed from the base of the PR and between b6b10b1 and b360f1a.

📒 Files selected for processing (12)

• src/api.rs
• src/api/import.rs
• src/api/promote.rs
• src/benchmark/compare.rs
• src/benchmark/compare/tests.rs
• src/embedding.rs
• src/evalset.rs
• src/metrics.rs
• src/metrics/record.rs
• src/registry/embeddings.rs
• src/registry/embeddings/gloss_tests.rs
• tests/http_api/promote.rs